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A pesquisa na Unesc é uma dimensão acadêmica que tem recebido destaque e reconhecimento nacional e internacional através dos diversos prêmios conquistados. Essas conquistas decorrem do forte investimento que a instituição tem feito visando o fortalecimento e o desenvolvimento da pesquisa científica nos vários níveis de sua atuação, como uma forma estratégica de garantir a sua consolidação enquanto universidade.
Além de iniciativas como os programas de iniciação científica e o programa de grupos de pesquisa, a pós-graduação tem dado uma contribuição importante para a consolidação desta dimensão. Exemplo disso é o Prêmio ABC/Loreal/Unesco, que contemplou nas últimas edições, três pesquisadoras da instituição, vinculadas ao PPGCS (Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde). A honraria é uma forma da Academia Brasileira de Ciências, da L'Oreal e da Unesco reconhecerem e estimularem a continuidade das brilhantes carreiras científicas. Ela é voltada à valorização das mulheres inseridas no universo da ciência e ao desenvolvimento científico.
Em 2009, a professora doutora Alexandra Ioppi Zugno recebeu o prêmio pelo trabalho "Avaliação da atividade da acetilcolinesterase e alterações comportamentais induzidas por ketamina em um modelo animal de esquizofrenia em ratos". O estudo tem como objetivo conhecer os mecanismos de funcionamento da esquizofrenia e procurar novos tratamentos para a doença.
Em 2010, a professora doutora Patrícia Fernanda Schuck foi contemplada em decorrência do estudo intitulado "Mecanismos fisiopatológicos da fenilcetonúria: estudo dos efeitos in vivo da fenilalanina". Seu objetivo é buscar novas estratégias terapêuticas para a fenilcetonúria, doença genética que provoca grave retardo mental em crianças.
Já na última edição, em 2011, entre as pesquisadoras contempladas está a professora doutora Tatiana Barichello, que inscreveu a pesquisa intitulada "Avaliação comportamental, neuroquímica e a integridade da barreira hematoencefálica em cérebro de ratos jovens induzidos à meningite pneumocócica". O trabalho de Tatiana tem como objetivo pesquisar o funcionamento do organismo durante as doenças infecciosas que acometem o sistema nervoso central. O seu intuito é compreender melhor os mecanismos de patogenicidade (capacidade do micro-organismo invasor em causar doença) e a resposta imune do hospedeiro.
A partir dessas conquistas e outras, como a primeira instituição não pública no Ranking Ibero-Americano 2010, a afiliação de pesquisadores na Academia Brasileira de Ciências, o aumento no número de bolsistas em produtividade do CNPq, não restam dúvidas de que a Unesc é uma instituição de referência acadêmica em nível superior e indispensável para o desenvolvimento social e científico da Região Sul catarinense, do Estado e do Brasil.